Seiring dengan perkembangan ekonomi dan teknologi dunia yang sangat pesat, e-commerce telah menjadi bagian yang penting dari aktivitas perekonomian dunia. Akan tetapi, meskipun jaringan dan teknologi infrastruktur yang mendukung perkembangan e-commerce telah memberikan kenyamanan, kecepatan, dan biaya yang murah, metode pembayaran online masih menghambat perkembangan ekonomi online. Pembayaran online adalah faktor kunci bagi perkembangan e-business ke depannya karena memiliki potensi untuk mengurangi faktor-faktor penghambat pembayaran yang terjadi pada bisnis tradisional. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis skema-skema e-payment yang sudah ada sekarang dan menemukan skema terbaik untuk diterapkan pada ekosistem bisnis online di Indonesia. Penelitian ini menggunakan metode Analytic Hierarchy Process (AHP), sebuah metode penentuan keputusan dengan mengkuantifikasikan nilai-nilai kualitatif dari tiga buah sistem e-payment, yaitu kartu kredit, e-money, dan transfer antar rekening bank. Ketiga sistem tersebut dievaluasi berdasarkan tiga buah kriteria yaitu aspek teknologi, ekonomi, dan sosial. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memberikan referensi bagi pelaku bisnis online (merchant) yang akan menentukan metode pembayaran pada bisnis mereka. Pada akhir penelitian akan ditemukan bahwa metode transfer antar rekening bank merupakan metode yang paling baik dari seluruh aspek yang ada. Dengan demikian hal ini memiliki implikasi yaitu metode tersebut harus tetap menjadi salah satu pilihan utama dalam menentukan metode e-payment. Untuk kartu kredit dan e-money, masih dibutuhkan banyak waktu untuk kedua metode tersebut menjadi seimbang dengan transfer antar bank terutama dalam aspek customer base dari sisi sosial.