Tugas akhir ini berupaya menganalisis metode pengukuran kemiripan dan perbedaan rantai DNA dengan menggunakan dasar fuzzy genom dan ruang fuzzy polinukleotida. Analisis dilakukan dengan cara menerapkan metode yang dianalisis dalam sebuah aplikasi sederhana dalam bahasa pemograman JAVA. Aplikasi yang dibuat bertujuan dapat memberikan nilai kemiripan dan perbedaan dua rantai DNA. Sampel data yang diambil adalah rantai DNA virus influenza yang telah dipetakan genomnya serta telah diketahui subtipenya. Virus yang menjadi pembanding utama yaitu virus influenza dengan subtipe H5N1. Selain itu, data yang diambil yaitu virus-virus lain yang tersedia juga di dari NCBI (National Center for Biotechnology Information). Hasil menunjukkan bahwa virus dengan tipe yang sama yaitu virus influenza memiliki nilai kemiripan yang lebih besar dan jarak yang kecil. Pengukuran yang dilakukan tidak mampu membedakan subtipe sesama virus influenza. Akan tetapi, pengukuran virus influenza dengan jenis virus lainnya memiliki nilai kemiripan yang relatif lebih rendah dan jarak yang jauh. Hasil tersebut memungkinkan untuk membedakan virus influenza dengan jenis virus lain. Metode yang digunakan dapat digunakan sebagai salah satu ciri untuk mengklasifikasi jenis virus tertentu. Kata kunci: Pengukuran Kemiripan DNA, Fuzzy Genom, Perbandingan Rantai DNA.