Riset-riset ilmu pengetahuan berbasis Teknologi Informasi (TI) membutuhkan sumber daya komputasi yang tinggi. Kendala fasilitas dan dana memunculkan teknologi sumber daya komputasi kinerja tinggi alternatif berbasis cluster dan grid computing. Salah satu riset yang membutuhkan sumber daya komputasi yang tinggi adalah penemuan obat (drug discovery) dengan proses molecular docking dan virtual screening. Proses pencocokan antara ligand dan receptor (molecular docking) berbasis TI dalam skala besar (virtual screening) memakan waktu yang cukup lama jika dikerjakan secara serial. Dalam penelitian ini dibahas mengenai pemanfaatan teknologi cluster yang dimiliki Universitas Indonesia untuk menguji kinerja aplikasi Autodock 4.2 dan Autodock Vina 1.1 dalam menjalankan proses docking dan virtual screening secara paralel. Hasil dari penelitian ini adalah analisis running time dan speed up dari kedua aplikasi untuk beberapa sampel data.