Reformasi birokrasi nasional telah memasuki gelombang II dengan 8 (delapan) area perubahan yaitu: organisasi, tatalaksana, peraturan perundang-undangan, sumber daya manusia aparatur, pengawasan, akuntabilitas, pelayanan publik, pola pikir dan budaya kerja aparatur. Pada area akuntabilitas hasil yang diharapkan dari Kementerian/Lembaga dan Pemda adalah meningkatnya kapasitas dan akuntabilitas kinerja birokrasi, berdasarkan hasil evaluasi akuntabilitas kinerja instansi pemerintah pusat tahun 2010 yang dilakukan Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi menempatkan Kementerian Sekretariat Negara pada kategori CC (cukup baik) yang berarti masih perlu perbaikan yang tidak mendasar. Salah satu perbaikan tersebut sesuai program pada tingkat mikro (2010-2014) adalah penguatan akuntabilitas kinerja dengan hasil yang diharapkan adalah tersusunnya indikator kinerja utama (IKU) pada Kementerian Sekretariat Negara. Pada penelitian ini akan difokuskan pada penyusunan IKU pada unit kerja TI dengan daftar awal IKU yang berasal dari strategi unit kerja TI, best practice COBIT 4.1 dan Critical Sucess Factor (CSF) unit kerja TI yang dipetakan kedalam Balanced Scorecard (BSC) organisasi non profit, dari daftar awal IKU tersebut akan diseleksi menggunakan Analytical Hierarchy Process (AHP) untuk mendapatkan daftar IKU terbaik dan CSF apa yang paling mempengaruhi keberhasilan pengukuran IKU.