Pihak Manajemen PNJ sedang berupaya meningkatkan kualitas dan kuantitas hasil penelitian. Sebagai bentuk target pencapaian hasil penelitian maka setiap tahun ditargetkan ada dua buah penelitian yang masuk kedalam jurnal internasional atau menghasilkan sebuah paten. Dari hasil analisa yang dilakukan dengan mengunakan fish bone analysis, didapatkan bahwa salah satu penyebab masih rendahnya kualitas dan kuantitas hasil penelitian adalah karena kurangnya pengelolaan pengetahuan antar peneliti. Pengetahuan yang ada tidak dikelola dan dibagikan kepada dosen lain, sehingga hanya mengumpul pada beberapa orang dosen senior. Analisa terhadap pengetahuan yang dimiliki oleh dosen tersebut dilakukan dengan dua buah metode yaitu soft system methodology (SSM) dan Ecology of Knowledge Management. SSM digunakan untuk mengetahui bagaimana relasi antar peneliti dimana keluaran dari SSM ini akan menghasilkan sebuah konseptual sistem aktivitas manusia pada bidang penelitian. Sementara Ecology of Knowledge Management digunakan untuk memetakan aset yang berupa dokumen, informasi, dan pengetahuan yang saat ini dimiliki. Penulisan karya akhir ini menghasilkan sebuah fitur bagi pengembangan KMS antara lain yaitu survey elektronik, perpustakaan online, wiki, manajemen dokumen, forum diskusi dan chatting. Hasil akhir dari penelitian ini adalah berupa prototipe KMS untuk bidang penelitian.