Indonesia memiliki setengah dari tanaman obat dunia. Fakta ini menjadi motivasi dalam melakukan penelitian penambatan molekuler yang efisien dengan memanfaatkan struktur 2D atau 3D dari senyawa. Sampai saat ini sudah ada basis data tanaman obat Indonesia berbasiskan web. Akan tetapi, sistem basis data tersebut memiliki kekurangan pada fungsi yang tidak berjalan dengan baik. Penelitian kali ini bertujuan untuk memperbaiki fungsi dengan melakukan implementasi ulang menggunakan desain MVC untuk sistem. Implementasi sistem dilakukan dengan memanfaatkan Yii Framework yang merupakan framework pengembangan web berbasis PHP (Personal Home Page). Penelitian ini menghasilkan sistem baru yang menggunakan arsitektur MVC serta memberikan perbaikan dan penambahan fungsi untuk sistem basis data tanaman obat Indonesia.