ABSTRAK Nama : Denny Hermawan Program Studi : Ilmu Komputer Judul : Desain dan Analisis Lingkungan Komputasi GPU untuk Mendukung Simulasi Dinamika Molekuler dengan Aplikasi AMBER Dinamika Molekuler (DM) adalah salah satu proses yang berperan penting dalam perancangan obat. Simulasi DM memerlukan lingkungan sumber daya komputasi berkinerja tinggi. Penyediaan infrastruktur sumber daya komputasi berkinerja tinggi menjadi salah satu keterbatasan peneliti dalam melakukan simulasi dinamika molekuler sehingga diperlukan pencarian lingkungan komputasi yang cepat dan dapat memenuhi kebutuhan MD dalam rangka mendukung penelitian perancangan obat dari senyawa asli Indonesia. Pada penelitian ini dilakukan eksperimen untuk mendesain dan menemukan variasi lingkungan komputasi GPU yang dapat menghasilkan kinerja simulasi DM dengan baik. Desain eksperimen dilakukan pada tiga lingkungan komputasi, yaitu lingkungan komputasi publik Delta Future Grid dan Stampede XSEDE dengan GPU Tesla C2070 dan Tesla K20m serta lingkungan komputasi privat dengan single dan multiGPU GTX 780. Berdasarkan eksperimen diperoleh hasil bahwa kinerja sangat ditentukan oleh spesifikasi GPU yang digunakan baik pada lingkungan komputasi publik maupun privat. Semakin baik GPU yang digunakan semakin menghasilkan kinerja yang lebih baik. Penggunaan lingkungan komputasi publik perlu memperhitungkan waktu tunggu yang berpengaruh pada total waktu keseluruhan namun dapat dipertimbangkan dari segi kemudahan. Hasil eksperimen juga menunjukkan bahwa kinerja simulasi DM meningkat dengan menggunakan multiGPU untuk protein berukuran besar. Kata Kunci : Dinamika Molekuler, GPU, Lingkungan Komputasi Berkinerja Tinggi. vii