ABSTRAK Nama : M. Hasyim Ratsanjani Program Studi : Magister Ilmu Komputer Judul : Pengembangan SAAS Cloud Untuk Menjalankan Aplikasi Simulasi Dinamika Molekular Dengan Kemampuan Integrasi Lingkungan Komputasi HPC. Penelitian ilmiah semakin berkembang dengan masalah yang sangat kompleks serta data yang membesar, sehingga membutuhkan High Performance Computing (HPC) sebagai salah satu utilitas pemroses job dalam penelitiannya. Penggunaan HPC membutuhkan fasilitas komputer super yang sangat mahal, baik pengadaan maupun perawatannya, menjadikannya hanya dimiliki institusi tertentu. Mengatasi masalah tersebut muncul solusi cloud Infrastruktur-as-a-Service(IaaS), dimana layanan cloud tersebut menyediakan layanan berupa infrastruktur HPC. Namun, para peneliti ilmiah umumnya berasal dari berbagai macam disiplin ilmu pengetahuan sering tidak mengerti tentang bagaimana menggunakan infrastruktur HPC tersebut. Untuk itu, penelitian terdahulu mengusulkan model cloud computing untuk membantu kegiatan simulasi dinamika molekular di atas lingkungan cluster [1][2]. Namun, kemudian muncul persoalan terkait integrasi lingkungan komputasi baru terhadap infrastruktur cloud computing yang telah dikembangkan tersebut, karena rancangan arsitektur cloud computing terdahulu tidak memungkinkan penambahan linkungan komputasi baru. Mengatasi masalah tersebut, dalam tesis ini mengusulkan pengembangan platform CloudMD, yakni model SAAS-cloud untuk aplikasi simulasi dinamika molekular dimana lingkungan komputasi HPC baru dapat diintegrasikan ke dalam infrastruktur SAAS-cloud tersebut. Dengan dilakukan pemisahan lingkungan antara CloudMD dan lingkungan komputasi, serta manajemen file berbasis FTP Client-server menjadikan integrasi lingkungan komputasi baru ke dalam infrastruktur CloudMD bisa dilakukan dengan mudah. Dalam pengujiannya dapat dibuktikan bahwa model SAAS-cloud yang dikembangkan mampu terintegrasi dengan lingkungan komputasi baru, serta mampu menyediakan aplikasi serta sumber daya HPC dalam rangka eksperimen simulasi dinamika molekular dengan mekanisme penggunaan yang lebih baik. Sehingga dapat membantu kegiatan penelitian ilmiah seperti eksperimen desain obat. Kata kunci: High Performance Computing, Cloud Computing, Software-as-a- Service, Arsitektur HPC, Dinamika Molekular.