ABSTRAK Nama : Ahmad Ghofari Program Studi : Ilmu Komputer Judul : Simulasi Dinamika Molekular menggunakan Aplikasi NAMD pada Lingkungan Docker Container di atas Multi Node Machine. Infrastruktur High Performance Computing (HPC) sangat diperlukan untuk menyelesaikan masalah pada dunia farmasi. Akan tetapi, akses ke HPC masih sangat terbatas dan untuk membangun infrastruktur HPC dibutuhkan biaya yang sangat mahal. Penerapan infrastruktur HPC pada cloud computing merupakan suatu solusi atas keterbatasan akses dan mahalnya infrastuktur HPC. Akan tetapi, diperlukan suatu cara untuk menjaga agar infrastruktur HPC pada cloud computing tetap memiliki performa tinggi dan menggunakan resource secara efisien. Performa Docker yang diintegrasikan pada komputer cluster telah dievaluasi melalui simulasi dinamika molekular menggunakan NAMD pada penelitian ini. Docker tampaknya merupakan solusi untuk penerapan infrastruktur HPC pada cloud computing. Kata kunci: HPC, cloud computing, komputer cluster, Docker, NAMD, dunia farmasi