Perkembangan teknologi informasi, khususnya internet, telah meningkatkan ketersediaan literatur-literatur ilmiah dalam bentuk elektronis. Materi-materi digital seperti itu, dapat ditemukan di berbagai situs, mulai dari situs pribadi hingga situs institusional. perpustakaan digital merupakan sarana pendukung yang melakukan penyimpanan, pemberian deskripsi dan klasifikasi dokumen-dokumen elektronis. Literatur ilmiah biasanya berisi kutipan dari literatur-literatur terdahulu, sehingga pengorganisasian bibliografi berguna untuk pencarian, analisa dan evaluasi terhadap literatur ilmiah elektronis. Permasalahan yang muncul seputar perpustakaan digital adalah sulitnya mengorganisasikan dan menemukan literatur ilmiah yang diinginkan melalui penelusuran bibliografi. Tesis ini membahas perancangan skema basis data, proses pemasukan data bibliografi, proses pembuatan indeks serta proses penelusuran bibliografi. Tesis ini menggunakan aplikasi Autonomous Citation Indexing (ACI) yang dikembangkan oleh NEC Reserach Institute sebagai model acuan dan beberapa literatur yang membahas tentang pengelolaan indek bibliografi dan teks lengkap (full-text) dokumen. Tesis ini menghasilkan prototipe aplikasi manajemen dokumen alektronik yang dilengkapi dengan fasilitas pengelolaan indek bibliografi dan fasilitas penelusuran indek bibliografi. Prototipe ini diharapkan dapat memberikan kemudahan bagi pengguna dalam melakukan penelusuran dokumen elektronis.