ABSTRAK Nama : Teny Handhayani Program Studi : Magister Ilmu Komputer Judul : Model Integrasi Data Gene Expression dan DNA Copy Number Pada Cluster Gen Kanker Menggunakan Intelligent Kernel KMeans Integrasi data gene expression dan DNA copy number berbasis kernel digunakan untuk menganalisis pola gen pada penyakit kanker payudara cell line. Clustering pada data integrasi dilakukan tanpa adanya informasi jumlah k cluster, teknik ini disebut fully unsupervised clustering. Pada penelitian ini, intelligent kernel KMeans dikembangkan dengan menggabungkan teknik intelligent K-Means dan kernel K-Means. Berdasarkan hasil eksperimen, nilai
 pada kernel RBF mempengaruhi jumlah cluster yang ditemukan. Hasil clustering dievaluasi menggunakan nilai R, global silhouette, indeks Davies-Bouldien, akurasi LSSVM dan visualisasi. Hasil esperimen terbaik yaitu 3 cluster yang memperoleh akurasi LS-SVM sebesar 97.3% dengan standar deviasi 0.2%. Kata Kunci: Integrasi data, clustering, fully unsupervised clustering, intelligent kernel KMeans.