Sebagai tuntutan dari berbagai regulasi yang dikeluarkan oleh pemerintah mengenai konsep e-goverment menuju good governance, Lembaga Sandi Negara (Lemsaneg) melakukan berbagai penyesuaian di dalam berbagai bidang termasuk dalam bidang administrasi elektronik yaitu Secure Electronic Document System (SEDMS) yang berada dibawah Bagian Tata Usaha dan Kamar Sandi (TU dan Kasa). Dalam pelaksanaannya, SEDMS mengalami berbagai kendala dibeberapa faktor, yaitu perencanaan, aplikasi, kebijakan serta Sumber Daya Manusia (SDM) sehingga SEDMS tidak mendukung proses transisi dari administrasi manual menuju elektronik. Penelitian ini difokuskan pada rancangan kebijakan dan prosedur SEDMS dengan tujuan meningkatkan efektifitas dan efisiensi pengguna SEDMS. Penelitan ini menggunakan Soft System Methodology (SSM) dengan menggambarkan terlebih dahulu proses organisasi yang berubah dengan adanya SEDMS pada tahap Problem Situation Expressed. Pada tahap Changes : Sytemically Desirable Culturally Feasible, dilakukan penyesuaian dengan regulasi dan standardisasi yang dinilai relevan dengan SEDMS. Setelah dilakukan validasi terhadap rancangan kebijakan dan prosedur SEDMS ini, diharapkan rancangan dan kebijakan prosedur ini dapat digunakan sebagai acuan dalam penyelenggaraan SEDMS untuk bisa berjalan secara efektif dan efisien. Penelitian ini menghasilkan rancangan kebijakan serta 7 rancangan SOP SEDMS.