Kemajuan teknologi informasi telah mendorong sektor pendidikan untuk bertransformasi digital, dengan E-learning sebagai komponen utama. Sekolah Tinggi Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika (STMKG) telah mengimplementasikan E-learning, bernama Edlink, yang terintegrasi dengan Sistem Informasi Akademik (SIMAS). Edlink menyediakan fitur seperti pengelolaan materi, tugas, ujian, video konferensi, dan forum diskusi. Namun, penggunaannya belum optimal, sehingga penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi faktor-faktor yang memengaruhi penggunaan E-learning di STMKG dari persepsi dosen dan mahasiswa serta memberikan rekomendasi untuk meningkatkan penggunaannya. Penelitian ini mengadopsi pendekatan mixed method dengan desain sequential explanatory, yang mengintegrasikan model Unified Theory of Acceptance and Use of Technology (UTAUT) dengan Means-end Chain Theory. Data kuantitatif diperoleh dari 71 responden dosen dan 442 responden mahasiswa melalui kuesioner, sementara data kualitatif melalui wawancara. Analisis data kuantitatif dilakukan terpisah untuk setiap kelompok responden menggunakan Partial Least Square-Structural Equation Modeling (PLS-SEM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari persepsi dosen, terdapat tujuh faktor signifikan, mencakup kualitas sistem keseluruhan (terdiri dari kualitas informasi dan kualitas sistem), nilai hedonis, nilai kegunaan, keseluruhan nilai, ekspektasi kegunaan, niat penggunaan, dan penggunaan sistem. Sementara itu, bagi mahasiswa, interaktivitas turut membentuk kualitas sistem, dengan tambahan dua faktor signifikan lainnya, yaitu ekspektasi kemudahan dan pengaruh sosial. Penulis kemudian menyusun rekomendasi, sebagai implikasi praktis, meliputi penyediaan informasi berkualitas, perbaikan desain dan fungsionalitas, peningkatan kompetensi pengguna, dukungan dan komitmen organisasi, serta pengujian dan penyediaan prosedur standar. Penelitian ini juga memberikan kontribusi teoretis melalui model integrasi UTAUT dan Means-end Chain Theory, yang membuktikan hubungan antara kualitas sistem, nilai yang dirasakan, niat penggunaan, dan perilaku penggunaan sistem.