Sistem Pelaporan Perkembangan Pelaksanaan Program (Sistem LAPKER) merupakan sebuah sistem informasi yang digunakan untuk mempermudah Ditjen DIKTI dalam melakukan analisis capaian perkembangan sebuah program dilihat dari sisi keuangan maupun fisik. Namun dalam perkembangannya, aplikasi ini memiliki permasalahan-permasalahan yang mengakibatkan banyaknya keluhan dari pengguna. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui kualitas layanan dari Sistem LAPKER berdasarkan pada analisis kepuasan pengguna aplikasi. Model yang digunakan dalam penelitian ini adalah menggunakan metode SERVQUAL dan matriks Important Performance Analysis. Metode SERVQUAL memiliki kemampuan diagnosa dan konsep yang sesuai dengan dimensi sistem informasi, sedangkan matriks IPA digunakan untuk mengetahui posisi atribut dan melakukan identifikasi terhadap perbaikan yang akan dilakukan. Pengumpulan data dilakukan dengan menyebar kuesioner kepada 126 pengguna aplikasi yang merupakan operator PTN/Kopertis/DIKTI. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa perlu adanya perbaikan kualitas layanan dari sisi tampilan dan fungsionalitas sistem, serta perbaikan layanan yang diberikan DIKTI selaku pembina.