Pada penelitian ini dikembangkan metode berbasis Fuzzy untuk identifikasi Lokasi Epitope Konformal Pada Protein. Sistem Inferensi Fuzzy yang dibangun menggunakan metode Mamdani. Fuzzy Inference System (FIS) Mamdani dibangun dengan 5 variabel input, yaitu rasio kecenderungan epitope, skala hidrophobility Parker, luas permukaan, volume residu dan surface area yang merupakan komponen chemical properties asam amino yang berguna dalam identifikasi epitope. Sistem Fuzzy dibangun menggunakan 22 rule untuk menghasilkan nilai epitope yang kemudian dijadikan dasar penentuan lokasi epitope konformal. Untuk pengujian dilakukan 3 skenario ujicoba yaitu scenario uji data CED, scenario uji data virus H5N1 dan scenario uji data VDAC 3. Sebagai pembanding metode yang diusulkan dibandingkan dengan predictor tool yang telah ada yaitu Discotope dan SEPPA server. Hasilnya dengan FIS Mamdani lokasi epitope konformal dapat diidentifikasi dengan nilai keakuratan yang cukup tinggi.