Laporan tugas akhir ini membahas tentang implementasi algoritme Fast Fourier Transform (FFT) pada transputer TransPAU. TransPAU adalah sebuah sistem komputer paralel berbasis pertukaran pesan yang ada di Pusat Antar Universitas Ilmu Komputer Universitas Indonesia. Algoritma FFT yang diimplementasikan adalah FFT basis dua Cooley-Tukey dan FFT basis dua Sande-Tukey. Dalam implementasi pada TransPAU, transputer dikonfigurasi membentuk topologi transhypercube untuk memperoleh kinerja terbaik algoritme pada TransPAU. Topologi transhpercube adalah topologi menyerupai topologi hypercube yang dibentuk dengan spesifikasi pada TransPAU. Kedua algoritme dibandingkan kinerja komputasi dan kinerja komunikasinya. Hasil dari penelitian ini antara lain adalah algoritme paralel dari FFT Cooley-Tukey dan FFT Sande-Tukey tidak terurut. Hasil dari evaluasi kinerja algoritme pda TransPAU diperoleh bahwa kinerja algoritme FFT Sande-Tukey paralel secara keseluruhan lebih baik daripada kinerja algoritme FFT Cooley-Tukey paralel.