Penggunaan simulasi komputer menjadi hal yang penting bagi para peneliti. Salah satu simulasi komputer yaitu simulasi dinamika molekular. Simulasi dinamika molekular membutuhkan sumber daya komputasi yang tinggi untuk melakukan komputasi kinerja tinggi. Cluster Hastinapura yang merupakan bagian dari InGrid (Indonesia/Inherent Grid) Fakultas Ilmu Komputer Universitas Indonesia menyediakan sumber daya komputasi yang tinggi untuk digunakan sebagai komputasi kinerja tinggi. Penelitian ini dilakukan untuk mengujicoba kinerja dari cluster Hastinapura terhadap simulasi dinamika molekular dengan menggunakan aplikasi AMBER. Protein RAD GTPase (dengan kode PDB adalah 2DPX) yang sudah dimodifikasi PDB-nya akan menjadi input dari simulasi dinamika molekular. Simulasi dinamika molekular akan dilakukan secara in vacuum (di dalam ruang hampa) dan implicit solvent. Implicit solvent menggunakan model generalized Born (GB). Waktu simulasi (timestep) dinamika molekular yang akan diteliti adalah 100 ps (picoseconds), 200 ps, 300 ps dan 400 ps dengan jumlah prosesor yang digunakan adalah 1, 2, 4, dan 8 prosesor. Penelitian ini dilakukan dalam empat tahap yaitu: menginstalasi aplikasi AMBER, menyiapkan input PDB, tahap persiapan AMBER, tahap simulasi AMBER, dan menganalisis kinerja cluster Hastinapura. Hasil yang didapat yaitu simulasi dinamika molekular secara implicit solvent dengan model GB memiliki waktu eksekusi yang lebih lama daripada simulasi dinamika molekular secara in vacuum. Kenaikan jumlah prosesor pun memberikan hasil waktu eksekusi yang cenderung menurun. Hal ini membuktikan bahwa kemampuan cluster Hastinapura yang cukup baik dalam melakukan simulasi dinamika molekular menggunakan aplikasi AMBER.