Pemeriksaan Immunohistokimia bertujuan untuk membantu menentukan prognosis dan terapi pada penderita kanker payudara, pemeriksaan ini membutuhkan analisa imunohistokimia berupa penghitungan jumlah sel positif dan sel negatif untuk mendapatkan persentase sel positif pada satu paparan. Penelitian sebelumnya [4], [5], [10] belum mampu melakukan hal tersebut dengan baik. Kekurangan karena karakter sel pada citra sangat bervariasi dalam bentuk, ukuran, jenis sel, warna pulasan, dan adanya sel berdempet. Diusulkan metode EsFuMo yang menggunakan inferensi sistem fuzzy untuk mendapatkan sel positif dan sel negatif, morfologi untuk mendapatkan bentuk sel, watershed untuk memisahkan sel berdempet, dan dilanjutkan dengan proses penentuan antigen. Eksperimen dilakukan pada data citra imunohistokimia. Hasil eksperimen menunjukkan metode EsFuMo paling berhasil menentukan positifitas dari pada metode pembanding. Sedangkan untuk pemisahan sel berdempet, metode EsFuMo berhasil sebesar 77,63%. Kekurangan metode EsFuMo yaitu terjadi kesalahan pemisahan sel, dan kurang mampu mengangkat inti sel negatif lemah. Untuk itu perlu penelitian lebih lanjut sehingga dapat mengangkat inti sel negatif lebih baik, dan mendapatkan bentuk sel penuh.