Simulasi dinamika molekuler merupakan salah satu bidang ilmu yang menggunakankomputer sebagai resource untuk melakukan metode komputasi untuk menghitung jumlah gaya yang bekerja dalam suatu sistem molekuler dan menganalisis pergerakanya. Simulasi ini berguna untuk penemuan senyawa obat dari suatu penyakit. Penelitian ini menggunakan program aplikasi dinamika molekuler Gromacs yang akan dijalankan menggunakan lingkungan komputasi cluster danlingkungan GPU (Graphic Processor Unit).Setelah dilakukan simulasi pada kedua lingkungan tersebut didapatkan informasi bahwa simulasi dinamika molekuler menggunakan aplikasi Gromacs pada GPU dapat dilakukan dengan baik dengan rentang waktu yang terbatas, sedangkan pada lingkungan cluster diperoleh informasi bahwa semakin banyak sumber daya processor yang digunakan oleh cluster untuk melakukan simulasi, semakin cepat simulasi dinamika molekuler dapat diselesaikan.