ABSTRAK Nama : Aruni Yasmin Azizah Program Studi : Ilmu Komputer Judul : Analisis Kinerja Aplikasi AMBER pada Lingkungan Komputasi Cluster dan Graphics Processing Unit Dinamika molekuler memiliki banyak manfaat, di antaranya sebagai media penemuan obat dan media pembelajaran protein folding. Namun, karena adanya kebutuhan untuk memenuhi sumber daya komputasi yang dapat mengatasi jumlah data yang sangat besar pada dinamika molekuler, muncullah persaingan teknologi high performance computing yang berusaha untuk mengatasi masalah tersebut, khususnya teknologi lingkungan komputasi cluster dan Graphics Processing Unit (GPU). Penelitian mengenai kedua lingkungan komputasi ini dalam dinamika molekuler sampai saat ini terus dikembangkan. Dengan adanya fenomena tersebut, penelitian kali ini dilakukan untuk menganalisis bagaimana perbandingan kinerja antara lingkungan komputasi cluster dengan GPU dalam menjalankan simulasi dinamika molekuler menggunakan aplikasi Assisted Model Building with Energy Refinement (AMBER). Simulasi dijalankan pada tiga jenis protein, yaitu tryptophan cage (TRPCage), myoglobin, dan dihydrofolate reductase (DHFR). Perangkat keras yang digunakan adalah Cluster05 dan beberapa GPU milik Fakultas Ilmu Komputer, Universitas Indonesia, yaitu GeForce GTX465, GeForce GTX470, GeForce GTX560, dan Quadro 4000. Berdasarkan hasil penelitian, diketahui bahwa kinerja semua GPU lebih baik dibandingkan Cluster05 di mana terjadi peningkatan kinerja dari 14 sampai 39 kali lipat. Kata-kata kunci: AMBER, GPU, cluster, dinamika molekuler