ABSTRAK Nama : Eka Satria Soekarno Program Studi : Ilmu Komputer Judul : Analisis Kinerja Docker untuk Simulasi Dinamika Molekuler berbasis GPU dengan Menggunakan AMBER Simulasi Dinamika Molekuler dengan menggunakan GPU mempunyai peran yang penting dalam perancangan suatu obat. Sistem berkinerja tinggi diharapkan dapat membantu simulasi agar dapat mempercepat proses. Salah satu program yang dapat melakukan simulasi dinamika molekuler yaitu Amber. Belakangan ini muncul teknologi cloud computing dengan menggunakan virtualisasi untuk manajemen resource. Salah satu teknologi pada virtualisasi yaitu kontainer. Docker sebagai platform virtualisasi berbasis kontainer diharapkan dapat membantu proses simulasi karena mempermudah penelitian dalam melakukan uji coba di berbagai sistem. Simulasi dinamika molekuler pada penelitian ini dilakukan diatas GPU GTX 560. Berdasarkan eksperimen diperoleh bahwa waktu pengujian benchmark pada Docker tidak jauh berbeda dengan host. Hal ini membuktikan bahwa teknologi kontainer dapat dijadikan pilihan alternatif dalam suatu sistem high performance computing. Kata Kunci: Dinamika Molekuler, GPU, AMBER. Benchmark, Docker.