Direktorat Jenderal Aplikasi Informatika sebagai instansi pemerintah wajib menjalankan amanat Peraturan Pemerintah Nomor 82 Tahun 2012 Pasal 23 yaitu setiap penyelenggara sistem informasi harus memastikan interoperabilitas sistem informasi yang dikelolanya dengan sistem informasi lain yang terkait. Jaminan interoperabilitas dapat dipenuhi jika tersedia mekanisme evaluasi interoperabilitas untuk sistem informasi. Penelitian ini menggunakan kerangka kerja Information Systems Interoperability Maturity Model dengan pendekatan kualitatif untuk mengevaluasi penerapan interoperabilitas di lingkungan organisasi. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa rata-rata interoperabilitas sistem informasi di dalam organisasi berada pada Level 1 (Manual), dibutuhkan perbaikan agar interoperabilitas mencapai level yang diharapkan.