Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi (Kemenristekdikti) memiliki tanggung jawab untuk meningkatkan sinergi riset. Namun, hingga saat ini tingkat sinergi antar lembaga penelitian dan pengembangan (lemlitbang) masih tergolong rendah. Tumpang tindih kegiatan penelitian, serta tidak bersinerginya kegiatan riset menjadi pemicu rendahnya tingkat sinergi tersebut. Persoalan ini salah satunya disebabkan oleh tidak terintegrasinya informasi riset di Indonesia. Penelitian ini mengkaji bagaimana strategi manajemen sistem informasi riset yang dikelola oleh Kemenristekdikti dalam mendukung sinergi riset antar lemlitbang. Penelitian ini dilakukan dengan metodologi kualitatif deskriptif melalui wawancara dan studi dokumen. Analisis data dilakukan melalui analisis kondisi internal dan eksternal dengan memanfaatakan metode 7s McKinsey, PESTEL, serta SWOT. Formulasi strategi yang dihasilkan dipetakan ke dalam kerangka strategi manajemen sistem informasi, kemudian dianalisis dari sudut pandang implementasi. Analisis implementasi berisi analisis risiko terkait strategi yang dihasilkan. Penelitian ini menghasilkan rekomendasi strategi yang antara lain meliputi pemanfaatan dan perluasan cakupan sumber data dan lingkup informasi dari sistem informasi riset, pemanfaatan sumberdaya manusia, teknologi pangkalan data yang sebelumnya telah dimiliki oleh Kemenristekdikti, pendataan perencanaan riset, hingga penyusunan acuan baku dan regulasi pengumpulan informasi riset dari lemlitbang ke Kemenristekdikti. Penelitian ini juga menghasilkan profil risiko untuk masing-masing strategi yang disebutkan.